棚戶區改造由于地理位置的特殊性，靠近市區，因此實踐中棚戶區改造集體土地上的房屋補償可以參考國有土地上房屋征收補償的標準，即可以參考周邊的房地產的市場價格。不過由于每個地方的實際情況不一樣，在棚戶區改造的過程中，總會有各種各樣的問題，今天就來講講棚戶區改造中補償不公怎么辦。

《國有土地上房屋征收與補償條例》第二十五條 房屋征收部門與被征收人依照本條例的規定，就補償方式、補償金額和支付期限、用于產權調換房屋的地點和面積、搬遷費、臨時安置費或者周轉用房、停產停業損失、搬遷期限、過渡方式和過渡期限等事項，訂立補償協議。補償協議訂立后，一方當事人不履行補償協議約定的義務的，另一方當事人可以依法提起訴訟。

第二十六條 房屋征收部門與被征收人在征收補償方案確定的簽約期限內達不成補償協議，或者被征收房屋所有權人不明確的，由房屋征收部門報請作出房屋征收決定的市、縣級人民政府依照本條例的規定，按照征收補償方案作出補償決定，并在房屋征收范圍內予以公告。補償決定應當公平，包括本條例第二十五條第一款規定的有關補償協議的事項。被征收人對補償決定不服的，可以依法申請行政復議，也可以依法提起行政訴訟。

依據我國相關法律的規定，棚戶區改造補償不合理，未簽訂拆遷補償協議的，被拆遷人可以拒絕搬遷，并且可申請行政復議或者提起行政訴訟維護自己利益。如果遇到補償不公平，及時尋求律師的幫助，采取法律途徑來維護自身的合法權益。